Quy trình làm thủ tục thông quan hàng nhập khẩu cho doanh nghiệp – Gọi ngay 0246 292 9229

Trong bối cảnh hoạt động xuất nhập khẩu ngày càng phát triển, thủ tục thông quan hàng nhập khẩu đóng vai trò cực kỳ quan trọng, quyết định tốc độ lưu thông hàng hóa và hiệu quả kinh doanh của doanh nghiệp. Tuy nhiên, quy trình này thường khá phức tạp, đòi hỏi doanh nghiệp phải nắm rõ quy định pháp luật, hồ sơ, chứng từ và các bước thực hiện tại hải quan. Bài viết dưới đây sẽ hướng dẫn chi tiết quy trình làm thủ tục thông quan hàng nhập khẩu cho doanh nghiệp mới nhất, giúp bạn tiết kiệm thời gian, hạn chế sai sót và đảm bảo hàng hóa được thông quan nhanh chóng.

Hướng dẫn làm thủ tục thông quan hàng nhập khẩu

Thủ tục thông quan hàng nhập khẩu là quy trình bắt buộc để hàng hóa được phép lưu hành hợp pháp tại Việt Nam sau khi nhập khẩu. Đối với các doanh nghiệp nhập khẩu hoặc cá nhân kinh doanh quốc tế, việc nắm rõ từng bước trong quy trình sẽ giúp tiết kiệm thời gian, chi phí và tránh những rủi ro vi phạm pháp luật hải quan. Dưới đây là hướng dẫn chi tiết từng bước làm thủ tục thông quan hàng nhập khẩu theo quy định mới nhất của Tổng cục Hải quan Việt Nam, áp dụng thực tế cho cả doanh nghiệp nhỏ, công ty thương mại quốc tế và người mới bắt đầu trong lĩnh vực xuất nhập khẩu.

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ và chứng từ nhập khẩu

Trước khi làm thủ tục thông quan, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ bộ chứng từ hải quan gồm: hóa đơn thương mại (Invoice), phiếu đóng gói (Packing List), vận đơn (Bill of Lading), hợp đồng mua bán (Sales Contract), giấy chứng nhận xuất xứ (C/O) và các giấy phép nhập khẩu chuyên ngành (nếu hàng thuộc danh mục quản lý đặc biệt). Việc chuẩn bị chính xác giúp khai báo hải quan điện tử nhanh chóng, tránh bị hệ thống cảnh báo hoặc kiểm tra luồng đỏ.

👉 Mẹo chuyên gia: Hãy kiểm tra thông tin trên chứng từ phải trùng khớp 100% với dữ liệu khai báo — sai khác nhỏ cũng có thể khiến hàng bị giữ lại tại cảng.

Bước 2: Khai báo hải quan điện tử trên hệ thống VNACCS/VCIS

Doanh nghiệp truy cập hệ thống VNACCS/VCIS để khai tờ khai hải quan điện tử, nhập đầy đủ các thông tin về người nhập khẩu, mã HS, trị giá tính thuế, số lượng, trọng lượng và loại hình nhập khẩu (kinh doanh, phi mậu dịch, gia công, v.v.). Sau khi gửi tờ khai, hệ thống hải quan sẽ tự động phân luồng kiểm tra: luồng xanh, luồng vàng hoặc luồng đỏ.

• Luồng xanh: thông quan tự động, không cần kiểm tra chứng từ.

• Luồng vàng: cần nộp hồ sơ giấy để cán bộ hải quan kiểm tra thông tin.

• Luồng đỏ: kiểm tra thực tế hàng hóa tại kho hoặc cảng.

Bước 3: Nộp thuế và lệ phí hải quan

Sau khi tờ khai được chấp nhận, doanh nghiệp phải nộp thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng (VAT), và các loại thuế khác (nếu có) theo biểu thuế hiện hành. Hiện nay, phần lớn các chi cục hải quan đã hỗ trợ nộp thuế điện tử 24/7 qua ngân hàng, giúp tiết kiệm thời gian và đảm bảo hàng hóa được thông quan nhanh chóng.

Lưu ý: Việc xác định mã HS code chính xác là yếu tố quan trọng nhất để tính đúng mức thuế suất. Nếu khai sai mã HS, doanh nghiệp có thể bị truy thu hoặc xử phạt hành chính.

Bước 4: Nhận hàng và hoàn tất thủ tục thông quan

Sau khi hoàn tất nghĩa vụ thuế, doanh nghiệp tiến hành làm thủ tục nhận hàng tại cảng, sân bay hoặc kho ngoại quan. Cán bộ hải quan sẽ xác nhận thông quan trên hệ thống và bàn giao hàng hóa cho người nhập khẩu. Cuối cùng, doanh nghiệp cần lưu trữ toàn bộ chứng từ (tờ khai, biên lai thuế, vận đơn, C/O...) để phục vụ kiểm tra sau thông quan hoặc quyết toán thuế khi cần.

>> Xem thêm bài viết https://tsl.com.vn/thu-tuc-thong-quan-hang-nhap-khau/

 Chuẩn bị hồ sơ & chứng từ cần thiết khi thông quan

Trong quy trình làm thủ tục thông quan hàng nhập khẩu, việc chuẩn bị hồ sơ và chứng từ hải quan chính xác là bước đầu tiên và cũng là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, tránh bị ách tắc hoặc xử phạt do sai sót. Dưới đây là hướng dẫn chi tiết các loại giấy tờ bắt buộc và những lưu ý quan trọng khi thực hiện, áp dụng cho cả doanh nghiệp nhập khẩu, công ty logistics, đại lý khai thuê hải quan và cá nhân nhập khẩu hàng hóa giá trị cao.

Bộ chứng từ cơ bản trong hồ sơ hải quan nhập khẩu

Bộ hồ sơ hải quan tiêu chuẩn thường gồm:

• Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice): thể hiện giá trị, điều kiện giao hàng, thông tin người bán – người mua.

• Phiếu đóng gói (Packing List): liệt kê chi tiết số kiện, trọng lượng, quy cách đóng gói.

• Vận đơn (Bill of Lading / Airway Bill): chứng minh quyền sở hữu và vận chuyển hàng hóa.

• Hợp đồng ngoại thương (Sales Contract): căn cứ pháp lý để xác định trách nhiệm và điều kiện mua bán quốc tế.

• Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O): giúp hưởng ưu đãi thuế quan theo hiệp định thương mại (ví dụ: C/O Form E, Form AK, Form D…).

• Giấy phép nhập khẩu hoặc kiểm tra chuyên ngành (nếu hàng thuộc danh mục quản lý).

👉 Lưu ý: Các chứng từ cần thống nhất tuyệt đối về thông tin: tên hàng, số lượng, mã HS, đơn giá, điều kiện giao hàng (Incoterms), để tránh bị yêu cầu sửa tờ khai hoặc kiểm tra bổ sung.

Chuẩn bị hồ sơ điện tử trên hệ thống VNACCS/VCIS

Hiện nay, toàn bộ thủ tục khai báo hải quan đều được thực hiện qua hệ thống VNACCS/VCIS do Tổng cục Hải quan Việt Nam quản lý. Doanh nghiệp cần chuẩn bị file scan hoặc bản mềm của chứng từ (PDF, XML…) để nộp trực tuyến. Hệ thống sẽ tự động đối chiếu dữ liệu, kiểm tra tính hợp lệ và xác nhận khi hồ sơ đủ điều kiện thông quan.

Việc chuẩn bị hồ sơ điện tử chính xác giúp doanh nghiệp được phân luồng nhanh (thường là luồng xanh), giảm khả năng bị kiểm tra thực tế hàng hóa. Đây là bước quan trọng để rút ngắn thời gian giao nhận hàng và giảm chi phí lưu kho, lưu bãi.

Kiểm tra, đối chiếu và lưu trữ chứng từ sau thông quan

Sau khi hàng đã được thông quan, doanh nghiệp cần đối chiếu lại toàn bộ chứng từ giữa bộ hồ sơ giấy và hồ sơ điện tử. Việc lưu trữ đúng quy định (tối thiểu 5 năm) là nghĩa vụ bắt buộc để phục vụ công tác kiểm tra sau thông quan, quyết toán thuế nhập khẩu, hoặc khi xảy ra tranh chấp thương mại quốc tế.

Những lưu ý khi làm thủ tục thông quan hàng hóa

Quy trình thông quan hàng hóa nhập khẩu là một trong những khâu quan trọng nhất trong hoạt động xuất nhập khẩu, ảnh hưởng trực tiếp đến thời gian giao hàng, chi phí logistics và uy tín của doanh nghiệp. Dù quy định hải quan đã được số hóa, nhiều doanh nghiệp vẫn gặp khó khăn do thiếu hiểu biết chi tiết về hồ sơ, mã HS, hoặc cách xử lý các tình huống phát sinh. Dưới đây là những lưu ý quan trọng khi làm thủ tục thông quan hàng hóa, giúp doanh nghiệp chủ động hơn, giảm rủi ro và đảm bảo hàng hóa được thông quan nhanh chóng, hợp pháp.

Kiểm tra kỹ mã HS code và chính sách quản lý mặt hàng

Mã HS (Harmonized System Code) là cơ sở để xác định thuế nhập khẩu, thuế VAT và chính sách quản lý nhà nước đối với hàng hóa. Sai mã HS là lỗi phổ biến khiến doanh nghiệp bị truy thu thuế, phạt hành chính hoặc chậm thông quan.👉 Lưu ý chuyên gia:

• Tra cứu mã HS dựa trên mô tả kỹ thuật, cấu tạo, công dụng của sản phẩm.

• Đối chiếu với Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) và Hiệp định thương mại tự do (FTA) để xác định thuế suất chính xác.

• Với hàng đặc thù (máy móc, hóa chất, thực phẩm...), nên xin xác nhận trước mã HS từ cơ quan hải quan để tránh tranh chấp sau này.

Chuẩn bị và kiểm tra chứng từ hải quan chính xác

Một bộ hồ sơ hải quan hợp lệ cần đảm bảo đầy đủ và trùng khớp thông tin giữa các chứng từ như: hóa đơn thương mại (Invoice), phiếu đóng gói (Packing List), vận đơn (Bill of Lading), giấy chứng nhận xuất xứ (C/O) và hợp đồng ngoại thương.Nếu có sai lệch nhỏ về số lượng, đơn giá, hoặc mô tả hàng hóa, hệ thống VNACCS/VCIS sẽ gắn cờ kiểm tra, khiến hàng bị đưa vào luồng vàng hoặc luồng đỏ.👉 Mẹo hữu ích: Trước khi khai báo điện tử, hãy rà soát lại toàn bộ thông tin để đảm bảo đồng nhất tuyệt đối – đặc biệt là các chi tiết như mã hàng, trọng lượng, điều kiện Incoterms, và tên người nhập khẩu.

Nắm rõ quy trình kiểm tra thực tế và nghĩa vụ thuế

Tùy theo kết quả phân luồng, doanh nghiệp có thể phải kiểm tra hồ sơ giấy hoặc kiểm tra thực tế hàng hóa. Việc nắm rõ quy trình này giúp chuẩn bị trước, tránh phát sinh chi phí lưu kho hoặc kéo dài thời gian giao nhận.Đồng thời, doanh nghiệp cần tính toán và nộp đầy đủ các loại thuế nhập khẩu, VAT, thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu có). Các khoản thuế được nộp qua hệ thống nộp thuế điện tử 24/7, giúp tiết kiệm thời gian và đảm bảo hàng được giải phóng nhanh chóng.

Các chi phí làm thủ tục thông quan hàng hóa

Khi thực hiện thủ tục thông quan hàng hóa nhập khẩu, ngoài việc chuẩn bị hồ sơ và khai báo hải quan, doanh nghiệp cần nắm rõ các loại chi phí phát sinh trong quá trình thông quan để chủ động dự toán ngân sách. Việc hiểu rõ cơ cấu chi phí giúp doanh nghiệp tránh bị đội giá, tối ưu hóa quy trình logistics và hạn chế rủi ro tài chính. Dưới đây là tổng hợp chi tiết các khoản chi phí khi làm thủ tục hải quan, được phân loại rõ ràng theo quy định và thực tế hoạt động tại cảng, sân bay hoặc cửa khẩu quốc tế.

Thuế và lệ phí hải quan bắt buộc

Đây là nhóm chi phí chính mà mọi doanh nghiệp nhập khẩu phải nộp cho cơ quan nhà nước. Bao gồm:

• Thuế nhập khẩu: Tính dựa trên trị giá CIF (giá hàng + cước vận chuyển + bảo hiểm) và mã HS code của sản phẩm.

• Thuế giá trị gia tăng (VAT): Thông thường từ 5% – 10% tùy loại hàng.

• Thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường (nếu hàng thuộc nhóm chịu thuế).

• Lệ phí hải quan: Khoảng 20.000 – 50.000 đồng/tờ khai tùy loại hình khai báo.

👉 Lưu ý: Việc xác định đúng mã HS code giúp doanh nghiệp áp dụng chính xác mức thuế suất ưu đãi theo các Hiệp định thương mại tự do (FTA) như EVFTA, RCEP, CPTPP, qua đó tiết kiệm chi phí đáng kể.

Chi phí dịch vụ logistics và khai thuê hải quan

Nếu doanh nghiệp không có bộ phận chuyên trách về xuất nhập khẩu, việc thuê đơn vị dịch vụ khai báo hải quan là lựa chọn phổ biến. Các khoản phí thường bao gồm:

• Phí khai thuê hải quan: dao động 500.000 – 1.500.000 đồng/tờ khai, tùy loại hàng và hình thức nhập khẩu.

• Phí vận chuyển nội địa (trucking, giao nhận container): Tính theo khoảng cách từ cảng đến kho.

• Phí lưu kho, lưu bãi (demurrage/detention): Phát sinh khi hàng hóa bị chậm thông quan hoặc không lấy ra kịp thời.

• Phí nâng hạ container, phí CFS (hàng lẻ): Thu bởi cảng vụ hoặc hãng tàu.

👉 Mẹo chuyên gia: Luôn yêu cầu báo giá chi tiết từng hạng mục từ đơn vị dịch vụ logistics hoặc đại lý khai thuê hải quan để tránh chi phí phát sinh không rõ ràng.

Các chi phí khác trong quá trình thông quan

Ngoài các khoản chính nêu trên, doanh nghiệp có thể phát sinh thêm một số chi phí như:

• Chi phí kiểm tra chuyên ngành: áp dụng cho hàng thực phẩm, mỹ phẩm, thiết bị y tế, hóa chất, máy móc cũ...

• Phí chứng từ (Documentation Fee), phí D/O (Delivery Order): do hãng tàu, forwarder hoặc đại lý giao nhận thu.

• Phí làm C/O, phí hợp pháp hóa lãnh sự, phí chứng nhận kiểm định chất lượng (CQ): nếu yêu cầu trong hồ sơ nhập khẩu.